Ozon jest dla nas szkodliwy ale tylko w wysokich stężeniach lub gdy wdychamy go przez dłuższy czas. Pomimo, że ozon w wysokich stężeniach jest toksyczny to ozonowanie jest metodą bezpieczną pod warunkiem, że jest przeprowadzone z zachowaniem niezbędnych środków ostrożności.
Podobnie jak z innymi środkami czyszczącymi lub chemikaliami, gdy nie przestrzega się instrukcji stosowania, ozonowanie może być niebezpieczne dla zdrowia. Dlatego ważne jest, żeby zabiegi ozonowania były wykonywane poprzez odpowiednio wyposażony i wyszkolony personel. Więcej informacji w artykule o zasadach bezpiecznego stosowania ozonu.
Ozon ma bardzo intensywny zapach i jest wyczuwalny przez człowieka już na poziomie stężeń, które nie są jeszcze w stanie nam zaszkodzić. W momencie, gdy zostaje wytworzony przez ozonator i rozproszony w pomieszczeniu, ozon rozkłada się z powrotem do czystego tlenu. Ozon więc, mimo swojej siły, nie jest trwały – wykonuje swoje zadanie i znika.
Dopuszczalne dla ludzi maksymalne stężenie ozonu w powietrzu działające przez 8 godzin na dobę i 40 godzin na tydzień wynosi 0,2 mg/m3 lub w wartościach względnych 0,1 ppm. Zalecony poziom docelowy to 0,12 mg/m3, lub 0,06 ppm.