Ozon wykazuje silne i szybkie działanie na bakterie chorobotwórcze, jak: Salmonella, E. Coli, Clostridium, Cryptosporidium i wykazuje także duże zdolności unieszkodliwiania spor, cyst i wielu innych patogenów.
Działanie bakteriobójcze wykazuje już w stężeniu 13μg/dm3. Działanie bakteriobójcze ozonu jest około 50 razy skuteczniejsze i 3000 razy szybsze niż chloru.
W przeciwieństwie do innych środków chemicznych ozon działa niszcząco nie tylko na żywe mikroorganizmy, ale również na niektóre wirusy. Atakując i utleniając ścianki komórkowe mikroorganizmów, ozon wchodzi w reakcję z mikroskopijnymi organizmami bakterii, grzybów i innych patogenów powodując ich unicestwienie. Ponadto ozon usuwa również opary substancji organicznych, takich jak rozpuszczalniki, benzyny, lakiery, farby, oleje naturalne oraz syntetyczne i wiele innych.
Ozon nie jest silną trucizną tylko bardzo gwałtownym utleniaczem. Minimalnym, progowym stężeniem ozonu od którego zaczyna się dezynfekcja jest wartość 1g ozonu na 10m3 pomieszczenia (0,1 g/m3). W przeciwieństwie do skomplikowanych środków chemicznych, ozon ulega biodegradacji do czystego tlenu a więc nie pozostawia po sobie toksycznych półproduktów rozpadu. Nie skaża środowiska ani nie odkłada się w tkankach żywych organizmów.